Les 5 modules du tronc commun du parcours biomédical à suivre sont:
- Management du Dispositif Médical
- Electronique et instrumentation
- Informatique, Signal, Image (ISI)
- Physique et Imagerie Médicale (PIM)
- Techniques Biomédicales (TB)
On retrouve également des sciences humaines et sociales (management, droit, qualité…), des langues, des projets et des stages. Un projet par année d’étude est requis au sein des projets de filière. Les projets de filière sont des projets proposés par des entreprises, des établissements de soins, des médecins ou des chercheurs. Ils sont menés par une équipe d’étudiants composée de chefs de projets, d’ingénieurs méthodes et développement; et de techniciens. L’objectif est le développement médico-technique d’un dispositif médical, depuis la phase en amont en laboratoire jusqu’à sa mise sur le marché et son utilisation en clinique.
En 4ème année, un semestre de stage de niveau assistant ingénieur est demandé aux étudiants « classiques ». Le stage de 5ème année, hospitalo-universitaire, réalisé pendant l’été par l’étudiant de la filière Pharmacien-Ingénieur valide ce stage d’assistant ingénieur. Ainsi, lors du premier semestre, l’étudiant suit les enseignements de 3ème année et le deuxième semestre est lui commun avec les 4èmes années. En 2ème année, les élèves ont la possibilité de se spécialiser en effectuant un Master 2 en double diplôme (déjà observé parmi les étudiants de la filière Pharmacien-Ingénieur) ou en effectuant un semestre d’échange avec une des écoles du réseau en génie biomédical (mais en pratique cela n’est jamais arrivé parmi les étudiants de la filière).
Le dernier semestre de 2ème année est réservé au stage de fin d’étude ingénieur, d’une durée de 24 semaines minimum. L’étudiant doit conduire un ou plusieurs projets sur toutes les fonctions et métiers de l’ingénieur biomédical en entreprise (fonctions technico-commerciales, fonctions applicatives, fonctions maintenances, fonctions recherche et développement), en établissement de soins ou en recherche industrielle ou académique.